計劃惹爭議：
別打擾達·芬奇遺骸安寧
然而，對達·芬奇遺骸“開棺驗尸”的計劃也在科學界和歷史學界引起了激烈的爭議，許多達·芬奇研究專家都認為《蒙娜麗莎》是達·芬奇自畫像的說法過于荒誕不經，他們認為科學家們不應該去打擾達·芬奇遺骸的安寧。
美國加州蓋蒂博物館繪畫館前館長尼古拉斯·特納接受記者采訪時說：“《蒙娜麗莎》是萊昂納多自畫像的說法聽起來實在有點離奇和瘋狂。我們知道蒙娜麗莎是某個特定的人，她曾經真實存在過，而這是她的肖像畫。如果萊昂納多聽到所有這些荒唐的理論，他在九泉之下也一定會哈哈大笑的。”（歐陽）
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蒙娜麗莎“身份”多
據悉，《蒙娜麗莎》的真實身份數百年來一直眾說紛紜。除了是達·芬奇自畫像的說法外，目前還有以下幾種主要的猜測。
一種流傳最廣的說法是，蒙娜麗莎是意大利佛羅倫薩富商弗朗西斯科·吉奧康多的妻子麗莎·格拉爾迪尼。
第二種說法是，《蒙娜麗莎》是達·芬奇為母親所畫的肖像畫，出于某種不為人知的原因，達·芬奇沒有標明這幅畫是為母親所作。
第三種說法是，蒙娜麗莎是意大利傳奇女子斯福爾扎，斯福爾扎是米蘭公爵的私生女，在文藝復興時期的意大利是位既漂亮又勇敢的傳奇女子，還有“悍婦”之稱。她在15歲時嫁給了教皇西克思圖斯四世的侄兒，聘禮是弗利和伊莫拉兩座城市。她的第一任丈夫、情人與第二任丈夫都先后被殺。斯福爾扎的家族后來在與博爾吉亞家族的爭斗中失敗，她在城破后被囚一年，斯福爾扎獲釋8年后離開了人世。
第四種說法是，畫中的蒙娜麗莎壓根不是良家女子，而是一名妓女。那不勒斯的卡羅·維斯教授更認為，蒙娜麗莎是一名高級妓女，達·芬奇捕捉到了一名職業(yè)誘惑者的迷人微笑。